Am 2. November 1983 ändert sich das Leben der Winchesters schlagartig: Der gelbäugige Dämon Azazel ermordet Mary Winchester und lässt ihr Haus in Flammen aufgehen. Der Rest der Familie kann sich allerdings retten. John informiert sich danach. um sich an dem gelbäugigen Dämon zu rächen. Er trainiert seine Kinder Sam und Dean dazu, mit ihm Dämonen und Geister zu jagen. Dean erfuhr schon früh von den Aktivitäten seines Vaters und Sam erfährt es erst, als er das Tagebuch seines Vaters findet. Allerdings möchte Sam nicht Dämonen jagen, sondern eine eigene Zukunft aufbauen. John streitet sich viele Jahre mit ihm, bis Sam doch nach Stanford Jura studieren geht. Er schließt Dean immer mehr in seine Jagd mit ein und lässt ihn z.T. sogar alleine jagen.

Irgendwann verschwindet John einfach ohne Vorwarnung für einige Wochen. Er sucht in dieser Zeit nach einem Weg, den gelbäugigen Dämon zu finden und zu töten. Währenddessen schließen sich seine Söhne Sam und Dean zusammen und erledigen die Jobs, die er sonst mit Dean erledigt hätte. John trifft auf eine geheimnisvolle Frau namens Meg Masters, die anscheinend Azazel gehorcht und all seine Jäger-Freunde tötet. Nachdem Sam und Dean sich mit ihrem Vater wiedergetroffen hatte, erzählte er den beiden etwas von Samuel Colt, der vor Jahrhunderten einen Colt gebaut haben soll, der jeden Geist und Dämonen töten kann, diesen gehen sie dann beschaffen und wollen dann auf die Jagd auf Azael.

Sie finden ihn, jedoch scheint er ihnen entwischt zu sein, er hat sich aber den Körper von John zueigen gemacht, was Dean merkt, allerdings ist Sam nicht bereit seinen Vater und mit ihm den gelbäugigen-Dämon mit dem Colt zu erschießen, woraufhin der Dämon flüchtet. Am Ende der ersten Staffel haben dann Sam, Dean und John einen schrecklichen Unfall, wobei Dean ins Koma fällt und eher tod ist, als lebendig. Aus dem Grund ruft John den gelbäugigen-Dämon und bietet ihm einen Deal an, der darin bestand sein Leben und den Colt zubekommen und Dean dafür wieder zu heilen, der Dämon zögert nicht lange und geht den Deal ein, daraufhin stirbt John und kommt in die Hölle, da er am Ende der 2. Staffel, als das Höllentor geöffnet wurde, hinauskommt und Dean und Sam hilft den gelbäugigen-Dämonen zu töten, was ihnen auch gelingt, anschließend verschwindet John und taucht seitdem nicht mehr auf (stand: 5.Staffel 10. Folge)