Nach dem schweren Autounfall am Ende der 1.Staffel werden Sam, Dean und ihr Vater in ein Krankenhaus eingeliefert, wo die Ärzte jedoch kaum noch Hoffnung für Dean haben. Sein Vater schließt deshalb einen Handel mit dem gelbäugigen Dämon ab, den er aus Rache für seine getötete Frau lange gejagt hatte. Er tauscht den Revolver und sein eigenes Leben gegen das Leben von Dean ein. Sam und Dean müssen daraufhin mit dem Tod ihres Vaters zurechtkommen und begeben sich wieder auf die Jagd nach dem Bösen, um das Werk ihres Vaters fortzusetzen. Sam entdeckt kurz darauf, dass auch viele andere Menschen in seinem Alter übernatürliche Fähigkeiten haben, die mit dem Dämon zusammenhängen. Sie finden heraus, dass der Dämon plant, eine Armee aufzustellen und damit die Apokalypse herbeizuführen. Die Brüder befürchten, dass die Menschen mit mentalen Fähigkeiten auf die böse Seite wechseln könnten. Zum Ende der Staffel verschwindet Sam plötzlich und findet sich mit anderen Personen, die ebenfalls mentale Fähigkeiten haben, in einem verlassenen Dorf wieder.

Der gelbäugige Dämon Azazel erklärt ihm, dass dies ein Wettbewerb sei, bei dem nur einer von ihnen überlebt und dann eine wichtige Aufgabe erhält. Die „Auserwählten“ werden von dem Dämon gegeneinander ausgespielt, sodass schließlich nur noch Sam und Jake, ein amerikanischer Soldat, am Leben sind. Als Dean auftaucht, ersticht Jake Sam von hinten und flüchtet. Dean kann den Tod seines Bruders nicht akzeptieren und schließt daraufhin einen Pakt mit einem Kreuzungsdämon, der Dean nur noch ein Jahr seines Lebens lässt und dafür Sam zurückholt. Jake ist inzwischen auf Anweisung des Dämons auf dem Weg zu einem Friedhof, der inmitten einer riesigen, von Samuel Colt gebauten Teufelsfalle liegt und steckt dort den Revolver, der zugleich ein Schlüssel ist, in ein Tor zur Unterwelt.

Jake wird von Sam, Dean, Bobby und Ellen gestellt und erschossen, jedoch ist das Tor zur Hölle offen und zahlreiche Dämonen strömen heraus, unter anderem die Seele von John Winchester, der beim Kampf gegen den gelbäugigen Dämon hilft. Kurz darauf gelingt es Dean, den gelbäugigen Dämon mit Samuel Colts Waffe zu erschießen; das Tor zur Hölle wird wieder verschlossen. Zwar lebt der gelbäugige Dämon nun nicht mehr, seine Armee steht jedoch bereit. Sam verspricht Dean, ihn aus dem Dämonenpakt zu befreien.

In der Folge 2.07 Die üblichen Verdächtigen spielt Linda Blair, die durch den Film Der Exorzist bekannt wurde, eine Nebenrolle als Polizistin.

Während der Folge 2.18 Hollywood Babylon nehmen Sam und Dean an einer Tour durch die Filmstudios teil. Kurz bevor sie aussteigen hört man den Sprecher der Tour erwähnen, dass sie gleich am Set von den Gilmore Girls vorbeifahren und wenn sie Glück haben, sehen sie sogar einen Hauptdarsteller. (Jared Padalecki spielte über eine längere Zeit in dieser Serie mit!)