Sams Streben gilt nunmehr einzig, Dean von dem Dämonenpakt zu befreien. Unterstützt wird er dabei von der Dämonin Ruby, die behauptet, ihm dabei helfen zu können. Dean indes hat für sich entschlossen, sein letztes Jahr auf Erden nach allen Regeln der Kunst zu genießen. Es widerstrebt ihm gar, gegen seinen Pakt zu kämpfen, da der Dämon ihn gewarnt hatte, dass – so er den Pakt bricht – Sam wieder tot sein würde. Derweil hat die Armee der Hölle, die am Ende von Staffel 2 frei kam, sich unter die Menschen gemischt. Die sieben Todsünden gar selbst wandeln frei und müssen bekämpft werden. Hierbei setzt die Serie nun mehr und mehr auf Witz, Charme und innere Konflikte. Gut und Böse vermischen sich mehr und mehr zu Grauzonen.

Die Stimmung der Staffel steuert auf ihren emotionalen Höhepunkt zu, als Dean in einem komatösen Traum seinem dämonischen Selbst gegenüber steht und sich eingesteht, dass er Angst vor dem hat, was auf ihn zukommt. Doch die Zeit drängt. Inzwischen hat Bella – eine äußerst „charmante“ britische Diebin – den Colt gestohlen. So bleibt den Brüdern nichts anderes übrig als die direkte Konfrontation mit Lilith, der Dämonin, die Deans Vertrag hält. Doch diese ist gerissener als alles, was die Brüder je zuvor bekämpfen mussten, und versteht es, ihr Spiel zu spielen. Als der Zeiger auf 12 Uhr Mitternacht springt, ist klar, dass alles vergebens war. Die Höllenhunde stürzen sich auf Dean und zerfetzen ihn direkt vor den Augen seines Bruders. Dann wendet Lilith sich Sam zu, doch ihr Versuch, ihn zu töten, scheitert und sie ergreift die Flucht.

In Episode 3.05 (Bedtime Stories) spielt Sandra McCoy, Jared Padaleckis Ex-Verlobte, eine Kreuzungsdämonin.

Der Streik der Drehbuchautoren der Writers Guild of America vom November 2007 bis Februar 2008 hatte auch Auswirkungen auf die dritte Staffel von Supernatural: Die Ausstrahlungsreihenfolge für die Episoden 3.11 und 3.12 wurde getauscht. Die Episode Jus in Bello war ursprünglich als 11. Episode der 3. Staffel vorgesehen, wurde aber als 12. Episode gesendet. Die Macher der Serie waren der Meinung, dass sich diese Episode besser als vorläufiges Staffelfinale eignen würde, da zum Ausstrahlungszeitpunkt nicht klar war, ob es überhaupt weitere Episoden in der 3. Staffel geben würde.

Nach Beendung des Autorenstreiks musste die 3. Staffel um 6 Episoden gekürzt werden und erhielt so eine Staffellänge von 16 anstatt der üblichen 22 Episoden.