Anmerkung: Auch wenn Serienschöpfer Eric Kripke die Serie ursprünglich auf fünf Staffeln auslegte, veranlassten die ansteigenden Einschaltquoten in der vierten und fünften Staffel Gespräche für eine Fortsetzung von Supernatural. Kripke bestätigte allerdings, dass er nicht länger als Autor und Regisseur bei der sechsten Staffel dabei sein wird, jedoch als Co-Produzent Hand anlegen werde. Sera Gamble, Co-Produzent bei den ersten fünf Staffeln, wird den Platz von Kripke einnehmen. Gamble erwähnte, dass die sechste und wahrscheinlich letzte Staffel den Fokus auf die Beziehung der beiden Brüder legen wird.[1][2][3]

Die sechste Staffel beginnt mit einer Rückblende und damit, wie Dean sich in seinem Leben als normaler Bürger, mit "Familie" und Arbeit als Bauarbeiter, sowie Nachbarschaftsgesprächen, durchgeschlagen hat. Ein Jahr ist seit dem schließen des "Käfigs" vergangen. Als Jäger im Ruhestand immer noch auf der Hut entdeckt Dean sonderbare Spuren. In der Garage, in welchem auch sein Impala steht, begegnet der blonde Winchester einem alten Erzfeind und Rivalen und kann so gar nicht glauben, wen er vor sich sieht. Bevor es jedoch zu einer ernsten Auseinandersetzung kommt, wacht er verwirrt in einem dunklen Raum auf. Der Dämon ist weg und Dean ist nicht alleine. Sam sitzt vor ihm. Überrascht umarmen sich die beiden und als Dean erfährt, dass sein Bruder das ganze letzte Jahr am Leben und nicht etwa in der Hölle war, ist dieser bitter enttäuscht. Denn auch Bobby war in diese Tatsache eingeweiht. Nichts desto trotz müssen die beiden den Vorkommnissen auf den Grund gehen und bekommen dabei unerwartet hilfe von den Campbells, allen voran Großvater Samuel. Sam ist sich sicher, dass sein Bruder ihm nun folgt und sie beide gemeinsam, wie in "alten Zeiten" als Jäger von dannen ziehen. Doch gibt Dean ihm einen Korb, möchte aber mit Sam in Kontakt bleiben. Es ist offensichtlich wie zerrüttelt die Beziehung beider Brüder ist.

Das nächste Wiedersehen kommt schneller als gedacht. Sam und sein Großvater sind einem Babyentführer auf der Spur, verfolgen diesen und bleiben mit einem Baby zurück. Sofort ruft er seinen Bruder an, damit dieser ihm bei dieser ungewohnten Konfrontation hilft. Mit zweigeteilter Meinung bringen sie das Kind in den Unterschlupf der Campbells und erneut kommt es zu einem Streit zwischen Großvater, Enkeln und Cousins. Plötzlich taucht eine Gestalt im Körper des alten Samuels auf, ein Formwandler, und demonstriert seine Macht. Einer der drei Cousins, Marc, kommt ums Leben, und es scheint, als würde es niemanden stören. Allem Anschein nach handelt es sich hierbei um einen Alpha. Dean und Lisa einigen sich darauf, dass er wieder als Jäger zu dem Rest der Truppe zustößt und jeder Zeit im Haus seiner kleinen „Familie“ willkommen ist. Daraufhin betrachtet er seinen Impala mit einem entschlossenen Gesichtsausdruck.

Nachdem Dean wieder im Geschäft ist und mit Sam einen Fall bearbeitet, kommt der Engel Castiel zurück auf die Erde und sie hoffen auf gegenseitige Unterstützung. Es handelt sich um die Waffen des Himmels, die während des ganzen Aufruhrs, wegen der Apokalypse aus der Hölle, gestohlen worden sind. Balthazar, ein ehemaliger Freund Castiels hat diese Waffen gestohlen und verkauft sie an Menschen, die dafür mit ihrer Seele bezahlen. Solch ein Pakt ist zuvor noch nie zwischen Mensch und Engel geschlossen worden, ist aber doch möglich. Im Verlauf der Folge stellt sich heraus, dass der Erzengel Raphael im Himmel regieren möchte und Lucifer aus der Hölle befreien will, damit das Schicksal seinen Lauf nimmt. Zum Ende verschwindet Castiel ohne sich zu verabschieden.

Bobby hat seine an Crowley geliehene Seele immer noch nicht zurückbekommen und bittet ihn, sie ihm wiederzugeben. Doch es gibt einen Haken und Bobby bekommt sie nicht wieder. Man bekommt einen Einblick in Bobbys Leben, wie er anderen Jägern hilft, ihre Fälle zu bearbeiten und man merkt, dass Bobby kaum Zeit für sich hat, nicht mal um eine Lösung zu suchen, seine Seele wiederzubekommen. Schließlich foltert er einen Dämon, der Bobby Crowleys menschlichen Namen gibt, den er zu Lebzeiten hatte. Rufus Turner kommt zu Besuch und bringt Bobby einen Okami, eine Art Vampir, die normalerweise untypisch für Amerika sind. Bobby ist genervt, da er keine Zeit hat, um seine Seele zu retten. Geschickt inszeniert er ein weiteres Treffen mit Crowley, mit einem Ass im Ärmel. Er bittet Dean und Sam nach Schottland zu reisen, damit sie Crowleys Gebeine verbrennen können, falls Crowley Bobbys Seele nicht zurückgibt. Letztendlich ist Bobby erfolgreich und Crowley verschwindet mit seinen Überresten. Anzumerken ist, dass der Schauspieler, Jensen Ackles, die Aufnahmeleitung übernommen hat.

Dean und Sam gehen wieder einmal einem Fall nach. Sie recherchieren in dem Zimmer eines Opfers, das ein großer Vampir-Fan war. Es gibt viele Anspielungen auf den Film Twilight. Nachdem sie sich an dem Ort, an dem das Opfer verschwunden ist eingefunden haben, wird Dean von einem Vampir infiziert. Sam steht daneben und unternimmt nichts, bis er letztendlich doch noch den Angreifer attackiert, obwohl es zu spät ist und Dean anfängt sich zu verwandeln. Man bekommt Eindrücke, wie das Leben eines Vampirs ist. Dean läuft vor Sam weg, um von Lisa Abschied zu nehmen, weil Dean sterben möchte, da er ein Monster ist und anderen nicht schaden möchte. Diese Aktion läuft außer Kontrolle, als Dean nach Lisas Blut trachtet. Dean kehrt zu Sam zurück, welcher von Samuel, seinem Großvater, Besuch bekommen hat einen Weg gefunden haben, wie sie Dean zurückverwandeln können. Dazu geht Dean ins Nest der Vampire und tötet jeden. Er bekommt, wie jeder andere Vampir, eine Vision, die nicht zu deuten ist. Nachdem die Winchesters und Campell das Blut des Vampirs gesammelt haben, trinkt Dean es und verwandelt sich am Ende zurück in einen Menschen. Besonders merkwürdig in dieser Folge war, dass die Vampire sich nicht mehr vor Jägern scheuen und versuchen, eine Armee aufzubauen. Als Dean sich an den Moment erinnert, an dem er infiziert wurde, sieht er Sam, wie er nur zuschaut und nicht handelt.

Dean spricht mit Bobby über Sam, weil ihm das Bild von Sam, in dem Moment als er von dem Vampir infiziert wurde, nicht aus dem Kopf geht. Er beteuert Bobby, dass Sam nicht sein Bruder sei und Bobby ihm bei Nachforschungen helfen soll. Währenddessen zieht Sam – von Deans Vermutungen nichts ahnend – einen neuen Fall an Land, in dem mehrere Menschen aus unerfindlichen Gründen Selbstmord begehen. Durch die Befragung von Bekannten der Opfer finden sie heraus, dass diese scheinbar verflucht waren. Dean schaut sich din einem Blasinstrumentenladen - der die einzige Verbindung ist - um und erfährt, dass zwei Wochen zuvor ein uraltes Horn entwendet wurde. Während seiner Recherche stößt er auf "Gabriels Horn der Wahrheit" und ruft Castiel, doch dieser entwarnt ihn. Dean ist sauer auf Castiel, weil er sich nicht blicken lassen hat, als Dean mit ihm über Sam sprechen wollte, aber Castiel sagt ihm seine Hilfe zu. Sam bekommt im Leichenschauhaus die Information, dass alle Leichen einfach verschwunden seien, während Dean in einer Bar etwas trinkt und dann durch seine Äußerung des Wunsches, er wolle die komplette Wahrheit, selbst verflucht wird. Sam ist währenddessen bei dem ersten Opfer und findet im Zimmer der Frau Utensilien, um eine Gottheit zu beschwören. Dean taucht nach einem ernüchternden Gespräch mit Lis bei Sam auf, befragt ihn zu der Vampirsache und vertraut ihm aufgrund des Fluches. Sie begegnen der Gottheit Veritas, die zuerst Dean und dann Sam nach der Wahrheit über den anderen ausfragt. Bei Sam gerät sie in Rage, denn er lügt und das ist einem Menschen nicht möglich. Dean ist verblüfft, als sie sagt, dass Sam kein Mensch ist. Sam tötet sie und Dean stellt ihn zur Rede, woraufhin Sam antwortet, er wüsste dass etwas nicht mit ihm stimme und er brauche Hilfe. Dean schlägt Sam bewusstlos...

Mit Castiels Hilfe finden Sam und Dean schließlich heraus, dass Sam keine Seele besitzt. Castiel vermutet diese sei nach wie vor im Käfig. Da er nicht die Macht hat sie von dort zu befreien müssen sie die Person finden, die ihn zurückgebracht hat. Die einzige Spur führt zu Samuel, der gleichzeitig mit Sam zurück auf die Erde kam. Castiel stellt fest, dass Samuels Seele nach wie vor in Takt und in seinem Körper ist, muss Sam und Dean dann aber auf Grund des tobenden Bürgerkriegs im Himmel verlassen. Bald darauf machen sich Sam, Dean, Samuel und der Rest der Jäger auf den Weg, um den Alpha der Vampire zu erlegen. Dean, der zurückbleiben und Nachzügler erlegen sollte, schleicht sich zum Ort des Geschehens und sieht, dass der Alpha nicht getötet sondern gefangen genommen wird. Auf der Rückfahrt stellt er Sam, der bei der Gefangennahme anwesend war, zur Rede und dieser erzählt ihm, dass Samuel die Alphas gefangen hält und foltert. Um den Grund dafür zu erfahren verfolgen die Brüder Samuel und dieser führt sie tatsächlich zum Versteck des Vampir-Alphas. Von diesem erfahren Sam und Dean, dass Samuel nach dem Fegefeuer sucht und dass er für jemanden arbeitet. Das Fegefeuer ist laut dem Alpha der Ort, an den die Seelen aller Monster und Kreaturen nach ihrem Tod kommen. Überdies deutet der Alpha an, dass selbst er als erster Vampir eine "Mutter" hat. Dann entdeckt Samuel die beiden. Der Alpha nutzt diesen Moment um zu fliehen, wird allerdings von einem Dämon aufgehalten. Kurz darauf taucht Crowley auf und es stellt sich heraus, dass Samuel für ihn arbeitet. Crowley verrät nicht eindeutig, weshalb er das Fegefeuer sucht, deutet aber einen Plan zur Expansion der Hölle an. Des weiteren behauptet er er könne, da er nun König der Hölle sei, Sam seine Seele wiedergeben. Widerspenstig willigen Sam und Dean ein für Crowley zu arbeiten - zumindest bis sie einen anderen Weg finden Sams Seele zurückzubekommen...